Na terytorium dzisiejszej Małej Nieszawki istniała wczesnośredniowieczna osada, datowana na koniec IX w. W 1230 r. ówczesna Nieszawa została przekazana przez Konrada Mazowieckiego krzyżackiemu mistrzowi krajowemu Hermanowi Balka. Z pomocą księcia Konrada Krzyżacy rozbudowali ten warowny gród, który mógł im służyć jako dogodne schronienie w wypadku niepomyślnych walk z Prusami na terenie całej ziemi chełmińskiej. Po bitwie pod Grunwaldem Nieszawa znalazła się na krótko w rękach Polaków, by po kilku miesiącach wrócić znowu pod panowanie krzyżackie. Żądania Polaków w czasie rokowań w Grabowie w 1414r., aby Krzyżacy odstąpili im m.in. Nieszawę zostałyczęściowo zrealizowane po pokoju melneńskim w 1422r. Krzyżacy zobowiązali się odstąpić część lewego brzegu Wisły i zburzyć zamek w Nieszawie. Uczynili to w latach 1423-1424. Rok później na tym obszarze, naprzeciw Torunia, wyrósł nowy zamek zwany Dybowem, będący siedzibą burgrabiego polskiego. Z czasem wokół niego powstała nowa osada handlowa zwana Nieszawa, Nową Nieszawą lub Dybowem. Osada ta posiadała swoja radę, ratusz i kościół parafialny pod wezwaniem św. Mikołaja i w szybkim czasie stała się handlową konkurencją dla Torunia. Zdecydowana większość mieszkańców Nieszawy była Polakami. Powstanie polskiego ośrodka handlowego naprzeciw Torunia wywołało walkę ekonomiczna między tymi dwoma miastami. Toruńczycy robili wszystko, aby pozbyć się niewygodnego sąsiada. W 1431r. korzystając z zamieszek, napadli na miasteczko i doszczętnie je ograbili. Po pokoju brzeskim w 1435 r. Nieszawa szybko odżyła i dalej skutecznie współzawodniczyła z Toruniem. Dopiero naciski mieszczan toruńskich na króla Kazimierza Jagiellończyka oraz odmowa pomocy finansowej zmusiły go w 1454r. do decyzji zburzenia miasta. Jesienią 1462r. zburzenie miasta Nieszawy stało się faktem. Miasto zostało przeniesione w inne miejsce, oddalone o 4 mile od dotychczasowej Nieszawy, zachowując swoją dawną nazwę. Po starej Nieszawie pozostały słynne statuty nieszawskie i ruiny. Na nich wkrótce w drugiej poł. XVI w. powstała nowa osada Dybów-Podgórz.
W końcu XIX w. w Małej i Dużej Nieszawce mieszkało 186 ewangelików i tylko 10 katolików, którzy uczęszczali do kościoła parafialnego na Podgórzu. W okresie międzywojennym, tuż po odzyskaniu niepodległości stosunek katolików do ewangelików uległ zmianie na niekorzyść tych drugich. Według danych z 1921r. w Małej Nieszawce zamieszkiwało 105 katolików i 75 ewangelików.
Katolicy z Małej Nieszawki należeli do 1938r. do parafii Podgórz. 3. XII. 1938r. Mała Nieszawka została afiliowana do parafii Cierpice.
Historia kościoła parafialnego w Małej Nieszawce jest nieco dłuższa niż samej parafii. Do 5. IX. 1945r. był to zbór pomenonicki, który decyzją wojewody pomorskiego z 1. VIII. 1945r., został adoptowany przez katolików na kaplicę i przystosowany do sprawowania liturgii katolickiej.
Przez blisko dwa lata Mała Nieszawka była obsługiwana przez księży z parafii p.w. Świętych Piotra i Pawła w Toruniu-Podgórzu. 13. VIII. 1947r. proboszcz parafii Podgórz ks. B. Polzin z upoważnienia Kurii Metropolitarnej w Gnieźnie poświęcił odrestaurowaną kaplicę p.w. Najświętszego Serca Pana Jezusa.
W parafii cierpickiej do 1948r. ciągle brakowało księży, dlatego kaplicę w Małej Nieszawce musieli obsługiwać księża z pobliskiej parafii Toruń-Podgórz. Msze Święte i nabożeństwa były odprawiane w każdą niedzielę i święta. Z dniem 1. VII. 1948r. opiekę duszpasterska nad kaplica w Małej Nieszawce przejął proboszcz z Cierpic, ks. Mieczysław Sindziński.Taki stan prawny i organizacyjny trwał do 15. VII. 1975r., kiedy to na mocy dekretu, z dnia. 21. VI. 1975r., Arcybiskupa Metropolity Gnieźnieńskiego i Warszawskiego, Kardynała Stefana Wyszyńskiego, Mała Nieszawka uzyskała samodzielność, chociaż jeszcze w ramach parafii Cierpice. Do pełnienia obowiązków duszpasterskich został mianowany wikariusz parafii Cierpice, ks. Mikołaj Szymański, z siedzibą w Małej Nieszawce przy kościele p.w. Najświętszego Serca Pana Jezusa. Ten ośrodek duszpasterski miał codziennie Msza Święte i inne przypadające na dany rok liturgiczny nabożeństwa.
Starania Kurii Metropolitarnej w Gnieźnie i władz wojewódzkich w Toruniu o stworzenie parafii w Małej Nieszawce załatwiane były odmownie. Stan ten trwał trzy lata. Dopiero 29. III. 1978r., na mocy dekretu Arcybiskupa Metropolity Gnieźnieńskiego i Warszawskiego Stefana Wyszyńskiego parafia została utworzona. Na podstawie projektu inż. Mariana Pożeńskiego 12. V. 1980r. przystąpiono do budowy plebanii obok kościoła, która zakończono we wrześniu 1981r. Plebanię poświęcił Kardynał Józef Glemp, Prymas Polski 20. III. 1982r. Prace wykończeniowe trwały jeszcze do roku 1984. W 1986r. władze administracyjne przyznały Małej Nieszawce grunt pod cmentarz parafialny w pobliżu cmentarza poewangelickiego, 2 km od kościoła. Pierwszy pochówek na cmentarzu miał miejsce w listopadzie 1989r. Poświęcenia cmentarza dokonał sufragan Jan Nowak w dniu 6. X. 1990r., jednocześnie poświęcił fundamenty pod nową kaplicę cmentarną. W lutym 1992r. ks. Kardynał Józef Glemp Prymas Polski swoim dekretem ustanowił budowana kaplicę na cmentarzu, kościołem pomocniczym p.w. Maryi Wspomożycielki Wiernych.